La historia comienza cuando Goku, transformado ya en su cuarta y hasta ahora última fase, derrota a Baby, último Tsufur. Al inicio de Gokuu Gaiden! encontramos a Pan un tanto envejecida por el inevitable paso del tiempo rezando por su padre en su tumba. A su lado, encontramos a Goku Junior, tataranieto de Gokuh. Sin embargo, Goku no parece llevar en su sangre el espíritu de combate de sus antepasados. Curiosamente parece que incluso no puede defenderse ante unos compañeros de la escuela: Pakku, Megane y Weasel. Estos compañeros de clase consiguen quitarle su mejor regalo: un boli de la Capsule Corporation de Bulma.

Al llegar a su hogar, Pan no se muestra nada satisfecha con Goku Junior, que a pesar de su parecido con Gokuh no tiene ninguna habilidad sobrenatural y es más bien débil. Esto provoca que Pan se ponga enferma de un ataque al corazón, con lo que es trasladada al hospital. Goku cree ser el culpable y decide ir en búsqueda de las siete bolas de dragón para salvar a Pan. Un día Pan le había relatado toda su larga historia...

Así que Goku Junior llega al Monte Paoz, donde antiguamente vivía Gokuu (se ve detalladamente en el primer episodio de Dragon Ball, cuando conoció a Bulma, aquella chica de sólo 16 años). Antes de llegar se encuentra con los tres gamberros de su colegio. Goku empieza a mostrar sus habilidades de saiyan y sus compañeros salen perdiendo. Sin embargo, Pakku no parece salir igual que sus compañeros, aunque Goku sigue sólo su largo camino. Casi habiendo llegado a Satan City, Goku es engañado por un camionero que en lugar de ayudarle le roba todos sus alimentos para los próximos días.

Goku se encontrará una vez más con Pakku, quien le acompañará porque piensa que será más divertido que ir a las clases. Hacia la montaña, comienza el verdadero peligro: toda una jauría de lobos. De hecho, parece que no se resitirán a Goku y Pakku, porque tienen mucha hambre. Manba, una chica muy atractiva, consigue que se salven de la situación, ahuyenta a los lobos y les invita a comer en su casa (¿no parece demasiado amable?) y efectivamente termina siendo una bruja. Su color de piel pasa a ser azul y su nueva misión es alimentarse de ellos. Manba se ayuda del trabajo de Rakkai, un gallo, y Gelto, una rana.

En su intento de huir, Pakku salva a Goku, aunque por ello parece morir al caer de un puente roto. Siguiendo su camino, Goku se encuentra con Gelto intentando alimentarse de un cachorro de oso. Inesperadamente, Gokuu se anima y derrota a Gelto, dejando libre al pobre cachorro. Como recompensa, el oso padre del osezno al que Gokuh ha salvado, guía a Goku hasta el que uan vez fue el hogar de su tatarabuelo. Sin embargo, pronto se encuentran con sus tres enemigos: Manba y sus secuaces.

Una bola de energía alcanza a Goku mientras intentaba huir con sus dos nuevos amigos, aquellos peculiares osos. Aparece Youmaoh, un cruel jabalí gigante, que parece querer enfrentarse hasta con Manba. El padre del osezno resulta muy herido. Esto despierta el espíritu de saiyan de Goku, que consigue transformarse en un super saiyajín. Consigue derrotarle, aunque Goku queda en el suelo, muy débil.

Finalmente, Gokuh llega al Monte Paoz y encuentra la bola de cuatro estrellas. Allí Goku le reza para que Pan y Pakku se puedan salvar. Goku se enfada porque no ocurre nada. Decide romper la bola, que llega a los pies de su tatarabuelo Son Gokuu, que parece divertirse porque su tataranieto es igual que él. Goku le cuenta su pasado... De repente aparece un helicóptero donde Pan y Pakku están vivos y con mucha energía.

Goku explica a Goku Junior que ha sido él quien lo ha conseguido, gracias a su gran esfuerzo. Goku Junior regoge la bola de cuatro estrellas y se marcha con Pan Y Pakku.