Capítulos 1 al 41

Quince años desde que Buu fue derrotado,  Pilaf y sus secuaces (Shuu y Mai)  planean atacar el palacio de Dende para robar las bolas de dragón. Por error y cuando ha llegado al templo de Dios, se equivoca de bolas de dragón y roba las prohibidas... Pilaf invoca invoca al dragón y aparece Goku, que acaba de entrenar duramente con Uub. Pilaf dice que desearía que Goku fuera pequeño como en su primera aventura y el dragón interpreta ésto como un deseo, de tal forma que Gokuu vuelve a ser un niño pequeño, perdiendo, además, muchas de las habilidades que siempre había tenido. Kaioh Sama les avisa de un peligro que ahora amenaza al planeta precisamente como resultado de haber invocado al dragón de las esferas prohibidas. Estas antiguas bolas de dragón han quedado repartidas por todo el universo y la Tierra va a ser destruida si no consiguen reunirlas antes del plazo de un año. Con la nave espacial de la Capsule Corporation, Bulma programa su salida en busca de las bolas mágicas. Vegeta obliga a Trunks y Goten a acompañar a Goku en la aventura. Justo antes de la partida, Goten está hablando con su novia Pares por teléfono. Pan, a quien no dejan acompañarles en el viaje, entra en la nave y da un golpe. Se inicia el viaje espacial y Goten queda en la Tierra.

Goku, Pan y Trunks llegan al planeta Imegga, donde les roban su nave espacial Tako. Allí se encuentran con Giru, un pequeño Robot que les roba el radar. Ahora les ayudará en su aventura, llevando el radar incorporado a su cuerpo, funcionando incluso mejor que antes. Don Kear, tirano que gobierna este planeta envía a su guardia de élite para hacerlos prisioneros. Entre ellos se encuentra Redic, su mejor guerrero. Nada más llegar al planeta, se les ofrecen numerosos productos que comprar. Cuando llegan a un hotel, todo lo que se encuentra en la habitación es de pago: la televisión, la ducha e incluso la cama, que llevan unos contadores incorporados. Finalmente descubren la situación en la que viven los habitantes de este planeta, por culpa de Don Kear, que se está enriqueciendo. Goku consigue convertirse de nuevo en un super guerrero, aunque, para su sorpresa, ya no puede transportarse de un sitio a otro. Así, Goku se enfrenta a Redic, que curiosamente sabe que es un Super Saiyan. Derrotan al tirano Don Kear y continúan el viaje.

Ya han conseguido la bola de dragón de cuatro estrellas y, ahora, Giru detecta otra en Kelbo. Esta bola de dragón pertenece a la princesa Lemu, que les regala la esfera con una condición que consiste en derrotar a Zuhnamer, un monstruo que puede provocar terremotos y que desea casarse con Lemu. Para ello, Trunks tendrá que disfrazarse de princesa, pues es el más alto de los tres. Con éxito descubren que Zuhnamer con tenía la capacidad de crear terremotos, sino sólo de predecirla. De ahora en adelante, sólo se dedicará a predecir los terremotos, un detector sísmico. Un extraño ser aparece y les roba la bola de dragón, marchándose en una nave con forma de seta. Goku, Pan y Trunks descubren que los ladrones de las bolas de dragón son Bonpara, Donpara y Sonpara, que manipulan a sus adversarios con una curiosa danza (Bonparaparaparabonpappapa). So salvados por los Moomas, aunque sus enemigos los persiguen hasta el planeta Loud, donde una extraña secta pretende despertar a su Dios. Finalmente, Loud, dios destructor, despierta y Goku y Trunks se oponen a su amenaza, aunque no consiguen derrotarle en estado de Super Guerreros. Dolltaky, un ser extraño, añade a Pan a su colección de muñecas, tras ser convertida en juguete. Sin embargo, el Doctor humano le pide que le entregue a Pan. Puesto que Dolltaki se niega, él mismo es convertido en muñeco y arrojado con Pan al interior de Loud. Dolltaki les revela que las células cerebrales son el punto débil de Loud, así que Goku y Pan deben apuntar justo al mismo tiempo, el uno dese fuera y la otra desde dentro. Finalmente, el Dr. Mu escapa.

Abandonan Ludeze y llegan al planeta M2, donde muchos androides tienen la misma forma que Giru, que resulta ser un espía del Dr.Mu. Unos robots mutantes (Negi, Nas, Bis y Ribet) derrotan a Goku y a Trunks. Giru pone a Pan a salvo y parece que todos los robots participarán en el plan del Doctor Mu, interesado por las bolas mágicas. Ahora condecoran a Giru por las tres bolas mágicas que ha conseguido. Al parecer el general Rilld ha enviado al Mega Cañón Sygma, con el que Pan no consigue nada. Al final Goku consigue derrotar a estos robots, que al final se fusionan con el propio Rilld. Todos son congelados en bloques de hielo (esto nos recuerda a Star Wars, cuando Han Solo es congelado). Descubren que todo era un plan de Trunks y Giru desde el inicio. Ambos habían escondido las bolas de dragón y, además, Trunks había averiguado el cuarto secreto donde el Dr. Mu había programado el nacimiento de Baby, que planea conquistar la galaxia. Finalmente, el Dr Mu muere y resulta ser un instrumento del propio Baby, que es el último Tsufur de los que vivían antiguamente en el Planeta Vegeta, antes de que los saiyans lo conquistaran. Goku, Trunks y Pan continuan buscando las bolas de dragón mientras Baby llega a la Tierra y toma la posesión de varias personas, que se vuelven de su lado. Cuando llegan con las siete bolas de dragón y se las llevan a Dende para que las guarde, el mismo Dende parece poseído por Baby. Descubren que Vegeta ha sido poseído por Baby, convirtiéndose en Vegeta-Baby. Vegeta-Baby invoca a Shenron y pide la construcción del planeta Tsufur. 

Justo cuando parece que Goku va a morir a manos de Baby, Kaioh Shín lo lleva a su planeta, tras jugar al juego de surogoku, donde consiguen sacarle la cola, para poder transformarse en Ohzaru. De esta forma, cuando Pan enseña una foto a Goku con todos sus amigos y familia, reconoce su ser y se transforma en un Super Saiyajín 4. Sin embargo, Bulma construye una máquina con la que Vegeta-Baby puede transformarse en Ohzaru. Goku decide cortarle la cola, con lo que Baby se ve obligado a salir del cuerpo de Vegeta. Aunque Baby intenta huir, Goku lo impide y con una onda vital, muere.